معاونت غذا و دارو گناباد در سال 1384 از معاونت درمان جدا شده و تحت عنوان مدیریت مستقل غذا و دارو مشغول به فعالیت شد. در سال 1389 مدیریت به معاونت تغییر عنوان داد. با تلاش های صورت گرفته توسط معاون غذا و دارو و کلیه همکاران شاغل در غذا وداروی گناباد و حمایت های سازمان غذا و دارو در تاریخ 8/9/1394در چارت پیشنهادی معاون وزیر و رئیس سازمان غذا و دارو به معاونت توسعه مدیریت و منابع وزارت متبوع مدیریت غذا و داروی گناباد بعنوان معاونت تایید و درخواست گردید .بالاخره درسال 1395 با تلاش های ریاست و معاونت توسعه و منابع دانشگاه و به همت مدیر منابع انسانی دانشگاه چارت تشکیلاتی آن بعنوان معاونت به تصویب مقام عالی وزارت رسید.

در حال حاضر این معاونت متشکل از سه اداره می باشد که شامل:

- اداره نظارت و ارزیابی فرآورده های خوراکی، آشامیدنی، آرایشی و بهداشتی

- اداره نظارت و ارزیابی مواد و فرآورده های دارویی

- اداره آزمایشگاه کنترل غذا و دارو

امور مربوط به واحدهای بررسی و تحلیل تجویز و مصرف منطقی دارو، مبارزه با قاچاق کالاهای سلامت محور، نظارت و ارزیابی فرآورده های طبیعی، سنتی و مکمل، نظارت و ارزیابی تجهیزات پزشکی و بیماران خاص و صعب العلاج توسط کارشناسان مربوطه زیر نظر مستقیم معاونت انجام می شود.